墨脱县下辖七乡一镇，43个行政村、1个社区，其中：

墨脱镇下辖7个行政村、1社区，分别是墨脱村、巴日村、米日村、玛迪村、亚让村、亚东村、朗杰岗村，东布路社区。

德兴乡下辖5个行政村，分别是德兴村、德果村、荷扎村、文朗村、易贡白村。

背崩乡下辖6个行政村，分别是背崩村、阿苍村、巴登村、地东村、西让村、江新村。

达木珞巴民族乡下辖3个行政村，分别是卡布村、珠村、贡日村。

格当乡下辖6个行政村，分别是格当村、桑珍卡村、占根卡村、布龙村、德吉村、曾求村。

帮辛乡下辖6个行政村，分别是帮辛村、根登村、帮果村、肯肯村、西登村、宗荣村。

加热萨乡下辖3个行政村，分别是更帮村、加热萨村、多龙岗村。

甘登乡下辖7个行政村，分别是甘登村、格林村、波东村、德尔贡村、达木村、巴登则村、那尔东村。